Jmol è un programma ``libero'' per la semplice visualizzazione di molecole, cristalli ed altri aggregati atomici. L'input è un file di coordinate atomiche in formato XYZ, PDB, etc.
Si lancia con jmol [file-dati].
Si apre una finestra grafica con la figura della molecola. Attraverso i menu è possibile caricare nuovi file, muovere la molecola, ingrandirla, misurare angoli e distanze, etc.